מכבי תל אביב ופיזה השלימו את עסקת העברתו של יונתן כהן, שעבר בהצלחה את הבדיקות הרפואיות במרכז הרפואי שמיר וחתם על חוזה ל-3 שנים עם אופציית הארכה.
מנהל מחלקת הכדורגל של מכבי תל אביב, ברק יצחקי, אמר לאתר הרשמי: "יכולותיו וכישוריו של יונתן מוכרים היטב לכולנו ואין לנו ספק כי הוא ישדרג אותנו בעמדה אותה חיפשנו לחזק. אנו בטוחים כי ההשתלבות של יונתן, שגדל במועדון, תהיה חלקה ומהירה וכולנו מאחלים לו בהצלחה!״
יונתן כהן, שיחזור ללבוש את החולצה הצהובה כחולה עם המספר 24 אמר לאחר החתימה: ״אין מאושר ממני לחזור הביתה. אני כבר מחכה לפגוש את כל הקהל הצהוב ולשמח אותו בבלומפילד״.
כהן, תוצר מחלקת הנוער של המועדון, כבש במדי הקבוצה הבוגרת 41 שערים ב-111 הופעות בכל המסגרות וזכה במדיה ב-7 תארים: 2 אליפויות (18/19 ו-19/20), גביע המדינה (20/21), 2 גביעי טוטו (19/20 ו-20/21), ו-2 תארי סופר-קאפ (19/20 ו-20/21). במפעלים האירופים במדי מכבי כבש כהן 4 שערים ב-17 הופעות בינ"ל והעפיל עם הקבוצה בעונת 20/21 לשלב 32 האחרונות של הליגה האירופית.
בקיץ 2021 הצטרף כהן לקבוצת פיזה האיטלקית ובמדיה כבש 4 שערים ב-27 הופעות בכל המסגרות.